На востоке граничит с РФ (длина границы 290 км), на юге - с Латвией (267 км). На западе Эстония омывается Балтийским морем, на севере - Финским заливом. Общая протяженность границы - 557 км, длина береговой линии - 1393 км.
Общая площадь страны - 45100 км2 (площадь суши - 43200 км2).