Эстония расположена в зоне смешанных хвойно-широколиственных лесов. Сохранилось мало коренных лесов.
Наиболее плодородные дерново-карбонатные почвы, на которых некогда росли широколиственные леса, в настоящее время заняты пашнями. В целом под лесами находится ок. 48% площади страны. Наиболее характерные лесообразующие породы – сосна обыкновенная, ель обыкновенная, березы бородавчатая и пушистая, осина, а также дуб, клен, ясень, вяз, липа. В составе подлеска растут рябина обыкновенная, черемуха, ива. Реже, в основном на западе, в подлеске встречаются тис ягодный, дикая яблоня, рябина скандинавская и ария, терн, боярышник.
Леса имеют наибольшее распространение на востоке страны – в центральной и южной Эстонии, где они представлены ельниками и смешанными елово-широколиственными лесами. На песчаных почвах на юго-востоке страны растут сосновые леса. На западе Эстонии большие площади занимают своеобразные ландшафты – сочетание суходольных лугов с участками редкостойных лесов. На северо-западе и севере страны широко распространена луговая растительность. Низменная, периодически затапливаемая прибрежная полоса занята приморскими лугами. Здесь распространена специфическая флора, переносящая почвенное засоление.
Территория Эстонии сильно заболочена. Болота (в основном низинные) распространены в долинах рек Пярну, Эмайыги, Пыльтсамаа, Педья, по берегам Чудского и Псковского озер. Верховые болота приурочены к главному водоразделу Эстонии. К северу от Чудского озера широкое распространение имеют заболоченные леса.
Флора Эстонии насчитывает 1560 видов цветковых, голосеменных и папоротникообразных растений. Из них примерно три четверти видов сосредоточены в западных прибрежных районах и на островах. Большим видовым разнообразием отличается флора мхов (507 видов), лишайников (786 видов), грибов (ок. 2500 видов), водорослей (более 1700 видов).
