Isesisvuse kaotamine
23. augustil 1939. aastal sõlmisid Nõukogude Liit ja Saksamaa Molotov-Ribbentropi pakti nime all tuntud kokkuleppe. Selle järgi läksid Baltimaad Nõukogude Liidu mõjusfääri.
28. septembril kirjutati Moskvas alla vastastikuse abistamise paktile Eesti ja Nõukogude Liidu vahel. Eesti territooriumil hakati looma nõukogude sõjaväebaase.
Eestisse toodi 25 tuhat sõdurit ja palju sõjatehnikat. 16. juunil 1940 esitas Nõukogude Liit Eestile ultimaatumi. Järgmisel päeval toodi Eestisse veel 100 tuhat sõjameest. Algas Nõukogude okupatsioon.
1940. aastal kuulus Eestimaa Kommunistlikku Parteisse umbes 130 liiget. 19. juunil jõudis Tallinna Leningradi parteiorganisatsiooni sekretär Andrei Ždanov. Tema ülesandel organiseeriti 21. juunil Tallinnas Vabaduse väljakul töötajate demonstratsioon. Sama päeva hilisõhtul nimetas K. Päts ametisse uue valitsuse eesotsas Johannes Barbarusega. Juulis arreteeriti ja viidi Eestist välja Eesti Armee ülemjuhataja kindral J. Laidoner ja Eesti Vabariigi president K. Päts. 6. augustil võeti Eesti vastu Nõukogude Liidu koosseisu. Enamik demokraatlikke maid (USA, Suurbritannia, Prantsusmaa jt.) ei tunnistanud okupeeritud Balti riike Nõukogude Liidu osana.
14. juunil 1941. aastal leidis aset eestlaste esimene suurküüditamine. Venemaale viidi 10 157 inimest.
22. juunil tungis Saksa armee Nõukogude Liidu territooriumile. Eestisse jõudsid sakslased juuli algul. Nõukogude okupatsioon asendus Saksa okupatsiooniga.
1944. aasta lõpuks vallutas Nõukogude Armee Eesti territooriumi tagasi. Teise maailmasõja tulemusena jäi Eesti Nõukogude Liidu koosseisu.
Nelja aastaga (1940 - 1944) kaotas Eesti umbes veerand miljonit inimest ehk neljandiku kogu oma elanikkonnast. Nende hulgas olid küüditatud, sõjas hukkunud ja need 70 000 eestlast, kes olid sunnitud jätma oma kodumaa saabuva nõukogude terrori hirmus. Lisaks veel varemetes linnad, mahapõletatud külad ja alevid, laastatud majandus. Ja muidugi — kaotatud iseseisvus. Raske on leida teist rahvast, kes maksis nii ränka hinda sõja eest, millega tal midagi tegemist ei olnud.
Pärast sõda hakati Eestis looma kolhoose ja sovhoose. Eesti talupojad ei tahtnud oma maast loobuda. Et asi läheks, oli vaja rahvast tõsiselt hirmutada. Seda ülesannet täitis 1949. aasta 25. märtsi suurküüditamine (20 702 inimest). See päev oli Eesti ajaloo must päev. Tühjaks jäid tuhanded talud, purunesid perekonnad, paljud nägid oma sünnimaad ja kodukohta viimast korda.
Algas muulaste massiline sisseränne Eestisse. Kui Eesti Vabariigi ajal eestlased moodustasid 90 % elanike arvust, siis 1989. aastal oli neid ainult 61,5 %.
1939. aastal sõlmiti Molotov - Ribbentropi pakt. Eesti läks Nõukogude Liidu huvisfääri. Juunis 1940 algas Nõukogude okupatsioon. Toimus riigipööre. Eesti Vabariigi president Konstantin Päts ja kindral Laidoner arreteeriti ja viidi Eestist välja. 14. juunil 1941. aastal oli esimene eestlaste suurküüditamine. Aastatel 1941 - 1944 oli Eestis Saksa okupatsioon. Septembris 1944 tulid Eestisse Nõukogude väed. Märtsis 1949 toimus teine eestlaste suurküüditamine. Algas muulaste massiline sisseränne.